19 July 2011

Oferta doctoral - Genetica de poblaciones (Francia)

Nous recherchons des candidats intéressés par une thèse financée en génétique des populations sur l'invasion de l'Europe par le nématode du pin, Bursaphelenchus xylophilus.
La thèse se déroulera au sein de l'UMR Interactions Biotiques et Santé Végétale (Inra, CNRS, Université de Nice-Sophia Antipolis) située sur le campus de Sophia Antipolis et sera co-encadrée par Philippe Castagnone (équipe interaction plante-nématodes) et Thomas Guillemaud (équipe Biologie des Populations en Interaction). La thèse bénéficie d'une bourse de thèse et d'un financement de fonctionnement de 3 ans dans le cadre du projet européen REPHRAME (KBBE.2010.1.4-09), avec un démarrage au 01/10/2011.

Candidatures : Les candidats intéressés sont invités à envoyer un dossier (CV, lettre(s) de référence, copie pdf du rapport de master 2, lettre de motivation) à Thomas Guillemaud (guillem@sophia.inra.fr) le plus rapidement possible et avant le 15 août 2011.

Profil souhaité : Le candidat devra avoir de bonnes connaissances en biologie évolutive et en génétique des populations. Une
expérience dans l’utilisation des marqueurs moléculaires (eg microsatellites) sera appréciée.

Contacts pour plus de détails : Philippe Castagnone (Philippe.Castagnone@sophia.inra.fr) et Thomas Guillemaud (guillem@sophia.inra.fr)
Des descriptifs de l'unité et des 2 équipes associées au projet sont à découvrir aux adresses suivantes :
https://www4.paca.inra.fr/psp/Les-unites/UMR-IBSV
https://www4.paca.inra.fr/psp/Les-unites/UMR-IBSV/Equipe-IPN
https://www4.paca.inra.fr/psp/Les-unites/UMR-IBSV/Equipe-BPI

Résumé : Le nématode Bursaphelenchus xylophilus est responsable de la maladie du dépérissement des pins,
et occasionne annuellement la perte de millions d’arbres à l’échelle mondiale. Cette espèce est
originaire d’Amérique du Nord, où elle n’est pas pathogène sur les espèces natives de
conifères. En revanche, le nématode occasionne des dégâts considérables dans les régions où il
a été introduit. C’est notamment le cas du Japon, où il représente l’agent pathogène principal
des forêts depuis la fin des années 1960. D’autres pays asiatiques ont signalé l’arrivée du
nématode des pins sur leur territoire à partir du milieu des années 1980. En 1999, B.
xylophilus
a été identifié pour la première fois en Europe sur de pins maritimes au Portugal.
De nouvelles émergences ont été signalées à partir de 2008 dans la péninsule ibérique et sur
l’île de Madère. Très récemment, le projet collaboratif européen REPHRAME a été mis en place,
avec pour objectif le développement de stratégies de détection, de contrôle et d’éradication du
parasite. Dans ce contexte, le sujet de la thèse consiste à étudier la variabilité génétique
de B. xylophilus à différentes échelles spatiales à l’aide d’outils de génétique des
populations pour comprendre le processus invasif de l’espèce. Pour cela il s’agira dans un
premier temps de valider un répertoire précédemment identifiés au laboratoire de marqueurs
microsatellites polymorphes (Malausa et al., 2011). La variabilité génétique des populations à
une échelle locale permettra d’étudier la biologie de base du nématode (mode de reproduction,
variabilité génétique intra- et inter- arbres). Au niveau régional, il s’agira d’étudier la
structure génétique des populations de nématode afin de déterminer l’échelle de fonctionnement
des populations. Enfin, à une échelle continentale, le projet consistera à identifier les
routes d’invasion de B. xylophilus avec un focus sur l’Europe en combinant des données de
génétique, des données historiques et des observations de terrain via des inférences
bayésiennes. Les données de variabilité génétique serviront de base à une analyse statistique
basée sur la méthode ABC (approximate Bayesian computation ; Estoup & Guillemaud, 2010 ;
Guillemaud et al., 2010) pour estimer les probabilités d’occurrence de diverses routes
d’introduction du parasite en Europe. Parmi les hypothèses testées, il s’agira notamment de
déterminer si les populations invasives européennes sont le résultat d’un unique ou de
plusieurs évènements d’introduction indépendants (Miller et al. 2005). Le projet contribuera ainsi à améliorer de
façon significative la compréhension du processus d’invasion, ce qui permettra de mieux
anticiper les risques d’expansion de B. xylophilus dans les forêts européennes.

- Miller N, Estoup A, Toepfer S, Bourguet D, Lapchin L, Derridj S, Kim KS, Reynaud P, Furlan L, Guillemaud T (2005) Multiple transatlantic introductions of the western corn rootworm. Science, 310, 992-992.
- Malausa T., Gilles A, MegléczE., Blanquart H., Duthoy S., Costedoat C., DubutV., PechN.,
Castagnone-Sereno P., DélyeC., FeauN., FreyP., GauthierP., GuillemaudT., HazardL., Le Corre V.,
Lung-EscarmantB., Malé P.J.G., Ferreira S. and Martin J.F. (2011). High-throughput
microsatellite isolation with 454 GS-FLX pyrosequencing. Molecular Ecology Resources, sous
presse (DOI: 10.1111/j.1755-0998.2011.
02992.x).
- Estoup A. and Guillemaud T. (2010). Reconstructing routes of invasion using genetic data:
why, how and so what? Molecular Ecology 19, 4113-4130.
- Guillemaud T., Beaumont M.A., Ciosi M., Cornuet J.M. and Estoup A. (2010). Inferring
introduction routes of invasive species using approximate Bayesian computation on
microsatellite data. Heredity 104, 88-99.
- Castagnone-Sereno P., Castagnone C., François C. and Abad P. (2008). Satellite DNA as a
versatile genetic marker for Bursaphelenchus Xylophilus. In: Pine Wilt Disease: A Worldwide
threat to Forest Ecosystems. Mota M.M. and Vieira P. (Eds.). Springer, 187-195.
- François C., Castagnone C., Boonham N., Tomlinson J., Lawson R., Hockland S., Quill J., Viera
P., Mota M. and Castagnone-Sereno P. (2007).Satellite DNA as a target for TaqMan real-time PCR
detection of the pinewood nematode, Bursaphelenchus xylophilus.Molecular Plant Pathology 8,
803-809.

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